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YACOO:海洋所孙黎课题组:测序揭示硬骨鱼类病毒感染机制

2014-10-28 来源:转载自第三方

 

MicroRNA(miRNA)通过在各类生命过程中结合mRNA转录来调控基因表达。众所周知,在哺乳动物和鸟类中,miRNA在宿主免疫防御和病毒感染过程中发挥至关重要的作用。然而,在低等脊椎动物,如硬骨鱼类,有关宿主和病毒miRNA的系统研究依然不多。牙鲆(Paralichthys olivaceus)是世界上广为养殖的重要经济型硬骨鱼,中国科学院海洋所孙黎课题组以虹彩病毒RBIV-C1感染牙鲆为模型,系统地研究了宿主和病毒miRNA的转录表达谱,研究成果发表在10月刊的BMC Genomics上。张宝存博士为该论文的第一作者,孙黎研究员为通讯作者。
 
 
 
依据RBIV-C1侵染牙鲆的不同阶段,本研究共选取了五个不同的侵染时间点。研究人员应用高通量测序技术鉴定和分析了病毒感染过程中宿主和病毒的miRNA表达谱(小RNA测序项目由联川生物承担完成)。实验共鉴定出381个宿主miRNA和9个病毒miRNA,后者全部为新发现的miRNA,在现有的数据库尚没有同源物报道。在宿主miRNA中,251个miRNA先前已经在牙鲆中报道过,而130个为首次发现,其中共有121个宿主miRNA的表达水平在病毒侵染过程中发生了显着性变化。9个病毒miRNA的表达水平在0 d pi至10 d pi阶段呈普遍升高的趋势,而在10 d pi至14 d pi阶段有所下降。对于差异表达的121个宿主miRNA和9个病毒miRNA,分别在牙鲆中预测出243个和48个靶基因。GO和KEGG富集分析表明,差异表达的宿主miRNA和病毒miRNA的靶基因主要可以归类为免疫应答,信号转导,凋亡过程等类别。
 
此项研究的结果首次发现了在病毒侵染硬骨鱼的过程中,宿主和病毒miRNA的表达谱均表现出动态变化。这一发现意味着miRNA可能参与宿主与病毒的互作,为今后开展硬骨鱼miRNA作用研究奠定了基础,也将为硬骨鱼病毒免疫的研究提供了新思路。

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